回収不備、対応について

皆様、日々お仕事お疲れ様です。
先日、初めましてのお客との間に金銭の問題が発生しました。
お客は「2時間前に焼き肉屋で食事し、チャミスルを1本飲んだ」と言っており、酒気帯びていました。
本来であれば先払いですが、ベタベタ甘えてこられたこともあり、雰囲気を壊さないため、融通をきかせコース代金はプレイ後に受け取りました。
その際のやり取りについてです。
まず前提として、接客で使う店のお財布には必ず9000円の札と500円2枚の計1万がお釣り用に用意されていて、中身もスタッフと2者確認をしています。
今回のコース代金は20500円でした。
「3万円しかないやー」と言われお札3枚をお預かりし、
9500円のお釣りをお返ししました。
その後すぐ事務所に戻りスタッフにお金を回収してもらうと、
財布には25500円しかない事が発覚しました。
つまり、実際に頂いていたのは25000円で、5000円余分にお釣りを渡してしまっていたのです。
すぐにお店からお客に電話をしてもらったところ、「渡したのはたしかに3万だった」との回答だったそうです。
そのため、今回は私の方で差額を負担することになりました。
今回の件で腑に落ちない点がいくつかあります。
・3万しかない、と言われ、お札3枚を全て確認せずに預かってしまったのは私の落ち度と理解しています。
・ただ、接客毎に料金は事務所で回収しており、すぐに3万ではなく、25000円の預かりだった事が発覚
・お店→お客には「預かりが25000円しかなかったのですが、3万をお支払い頂いてますか？」という聞き方をしたようで、「3万渡した」との回答だったので、それ以上の追求は出来ないとのことで終了。
・私からお客に直接電話でお詫びと説明をしたいと相談しましたが、お店には却下されました
・本来であればですが、(お店)『3万円としてお預かりしたが、25000円だった。お釣りを多くお渡ししてしまっているので差額5000円のご返金をお願いいたします。』と伝えるのがスムーズかと思うのですが、
どうして「3万のお支払いをされましたか？」という聞き方をしたのか。(お客はわざわざ否定する理由もないので、支払った答えるに決まってるじゃないか)
お店には2年勤務で、稼ぎも恐らく1番と思います。
これまでお客との間に金銭のトラブルもなく、まじめに行ってきたので少しショックでした。
この場合、お店の対応やお客の対応について客観的なご意見を頂けると幸いです。